El tramo subterráneo de la Línea 12 del Metro, que actualmente presta servicio en las estaciones de Mixcoac a Atlalilco, también presenta fallas en su construcción. Una de las más graves es que debajo de las vías no se colocó una plancha de concreto para sostenerlas, sino que en algunos tramos se puso terracería (mezcla de grava y arena), lo que genera inestabilidad en rieles y hundimientos. Esta situación podría considerarse como un vicio oculto en su edificación, motivo por el cual la Contraloría General del Distrito Federal inició una nueva investigación y ordenó la realización de pruebas para determinar en qué zonas se presentan las irregularidades y proceder en contra de los responsables. De acuerdo con un documento interno del grupo técnico del Gobierno del Distrito Federal (GDF), se advierte que para dar mantenimiento a la terracería es necesario suspender la prestación del servicio para levantar las vías, durmientes y balasto, lo que orillaría al cierre total de la controvertida Línea 12.