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El Eyjafjallajökull se encuentra entre el valle Þórsmörk, al norte, y la costa del océano Atlántico, al sur. El glaciar cubre un volcán activo, del mismo nombre, que tiene una altitud de 1.666 msnm. La parte superior del glaciar está marcada por una profunda depresión que corresponde a la caldera, de entre tres y cuatro kilómetros de diámetro. El pico más alto es el Hámundur, con 1 666 msnm, es una parte del borde del cráter. Un pico secundario es el Guðnasteinn, que divide el borde del cráter.
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